Saipov greps direkt efter dådet, som terrorrörelsen Islamiska staten (IS) tog på sig.
Han har åtalats för åtta mord och tolv mordförsök, och för materiellt stöd till IS. Han skulle kunna dömas till dödsstraff, något som president Donald Trump förespråkat.
Efter dådet sade den uzbekiske invandraren enligt polisutredningen att han hade inspirerats av videofilmer från IS och att han hade planerat terrordådet i ett år. Hans försvarare ville efter tisdagens förhandling inte kommentera varför hans klient nekar till brott.
Saipov ska inställa sig i rätten nästa gång den 23 november.