Myndigheten röstade på måndagen och kom fram till att Aleksej Navalnyj inte är behörig att ställa upp i valet.
Anledningen som uppges är att Aleksej Navalnyj har dömts till fängelse i ett förskingringsmål, en dom som Navalnyj själv menar är politiskt motiverat.
Sittande presidenten Vladimir Putin kommer att ställa upp i presidentvalet för fjärde gången och väntas bli valets vinnare den 18 mars.
Aleksej Navalnyj har tidigare uppgett att han kommer att kampanja för att valet ska bojkottas, om han inte själv får ställa upp. Han anses vara den oppositionsfigur som starkast kan hota Vladimir Putins makt.
Aleksej Navalnyj kommer att överklaga beslutet om att han inte får ställa upp i valet.