De nya sprickan upptäcktes av piloter som flög över vulkanområdet på måndagen. Vägarna till området har nu spärrats av och de människor som befunnit sig i området ska evakuerats.
Två kustbevakningshelikoptrar har skickats ut för att hjälpa till med evakueringen.
Sigurður Bergmann, säkerhetschef och platschef i Geldingadalur, säger till ruv.is att människor kan vara i fara.
Enligt Islands meteorologiska institut är sprickan cirka 200 meter lång.
Intensiv vulkanisk period
Vulkanutbrottet i Fagradalsfjäll i Island har blivit en turistmagnet. Området ligger bara omkring fyra mil sydväst om huvudstaden Reykjavik och är relativt lättillgängligt.
Sedan utbrottet den 19 mars har tiotusentals nyfikna tagit sig till området, och nu finns planer på att bygga ut vägar och vandringsleder i närheten av vulkanen.
Det senaste vulkanutbrottet har fått många att misstänka att halvön Reykjanes nu är på väg in i en ny intensiv vulkanisk period som kan vara upp till 100 år.
Undersökningar av lavan på halvön visar att det här området blir geologiskt aktivt vart 800-hundrade år, och sist det hände var på 1200-talet.