Maria har orsakat totalt minst åtta dödsfall.
– Orkanen har förstört ”allt i sin väg”, säger Abner Gómez, chef för katastrofmyndigheten.
Kraftiga regn har fallit över Puerto Rico under onsdagen. Totalt rör det sig om omkring 50 centimeter, uppger meteorologen Ernesto Morales till radiokanalen Radio Isla.
– Orkanen har förstört ”allt i sin väg”, säger Abner Gómez, chef för katastrofmyndigheten.
Filmer som publicerats på Twitter visar hur floden Río Guayama, på södra delen av ön, översvämmats och sveper fram genom bebyggt område. Det hårda ovädret väntas hålla på fram till kvällen innan det drar vidare norrut.
Det var första gången sedan 1932 som en kategori 4-orkan drabbade Puerto Rico med full kraft. Först nådde orkanen Maria staden Yabucoa i sydöst, med vindhastigheter på 250 kilometer i timmen, nedgraderad från en kategori 5-orkan med vindhastigheter upp till 281 kilometer i timmen, rapporterar AP. Senare på onsdagen nedgraderades orkanen ytterligare två snäpp, till kategori 2.
”Inte upplevt något liknande”
– Det här kommer att bli extremt våldsamt. Vi har inte upplevt något liknande i vår moderna historia, sa öns guvernör Ricardo Rosselló inför stormens ankomst.
Plåttak flög omkring i vinden och nästan 900.000 människor uppgavs vara utan el tidigt under onsdagen. Tusentals har sökt sig till hjälpcentra som upprättats på ön. I huvudstaden San Juan finns ett hjälpcenter i vilket det fortfarande fanns kvar människor som sökt sig dit från andra öar under orkanen Irma, rapporterar CNN.
Enligt CNN:s meteorolog kan Maria vara det värsta oväder som drabbat Puerto Rico. Öns bergiga natur blir som en barriär som pressar ut vatten ur molnen vilket kan ge mycket stora regnmängder.
De som bor i de mest utsatta, låglänta områdena, som riskerar att översvämmas, har evakuerats.
3,5 miljoner utan ström
Vid halv två tiden lokal tid blev hela Peurto Rico utan ström, vilket drabbar totalt 3,5 miljoner människor, rapporterar BBC.
Premiärministerns hus förstört
På ön Guadeloupe var 80.000 hushåll utan el på tisdagen, rapporterar AP.
På ön Dominica, där orkanen drog fram i måndags, slogs kommunikationerna med omvärlden ut. En av president Roosevelt Skerrits rådgivare, Hartley Henry, säger enligt AP att på onsdagen är fortfarande el och nästa alla kommunikationer utslagna och att väldigt många byggnader är förstörda, rapporterar AP.
Ett av de hus som förstördes var premiärministerns eget.