Pompeo gav det tydliga beskedet i Kairo på torsdagen efter möten med Egyptens president Abdel Fattah al-Sisi och utrikesminister Sameh Shoukry.
– President Trump har fattat beslutet att ta hem våra trupper från Syrien. Nu är det dags, sade Mike Pompeo.
Han upprepade sedan uttalandet på sitt twitterkonto.
– Men det är ingen förändring av uppdraget. Vi är fortsatt engagerade i den fullständiga nedmonteringen av hotet från IS och den pågående kampen mot radikal islamistisk terror.
Partners tar ansvar
Han betonade att USA:s allierade och partners bör göra mer i kampen mot IS.
– Vi ser till att våra partners gör mer för att komma framåt som Trump har sagt.
Fortsätter bomba
Sedan i tisdags befinner sig utrikesminister Pompeo på en resa i Mellanöstern för att diskutera Trumps nya strategi i kriget mot IS. Han har besökt Jordanien, Irak och är i Egypten på torsdagen.
Nu fortsätter USA:s krig mot IS från luften, meddelar han.
– Vi kommer att fortsätta med flyganfall.
Han uttalade även stöd för Egyptens insatser mot IS.
– Vi stödjer Egyptens ansträngningar att slå ned IS i Sinai, sade Mike Pompeo.
En vecka i Mellanöstern
Pompeo kommer att resa vidare för att ha överläggningar med ledare i Bahrain, Abu Dhabi, Förenade Arabemiraten, Saudiarabien, Oman och Kuwait.
Enligt USA:s utrikesdepartement kommer besöket i Mellanöstern pågå till den 15 januari.