Några timmar innan vallokalerna slog upp dödades flera personer i kuststaden Mombasa av män beväpnade med macheter, uppger poliskällor för Reuters.
– Poliserna hade ryckt ut på ett nödlarm och hamnade i bakhåll, säger polistalesmannen Charles Owino.
Under förmiddagen steg dödssiffran i oroligheterna i Mombasa. Minst 15 personer, däribland nio polismän och sex angripare, dödades, uppger nyhetsbyrån Reuters.
Angriparna tros ha tillhört den separatistiska gruppen MRC, enligt polischefen David Kimaiyo.
Enligt polischefen kan gruppen Mombasa Republican Council (MRC) ligga bakom överfallet. Gruppen vill bryta loss det populära turistmålet Mombaregionen vid kusten från Kenya.
Våldet i valet för fem år sedan krävde över 1.100 dödsoffer och observatörer har varnat för en upprepning. Efter skottlossningen har det dock hittills varit lugnt vid vallokalerna.
Folk svimmar i köerna
Köerna fortsatte på morgonen att ringla långa utanför vallokalerna.
– Människor har börjat att ramla och svimma i kön, säger Peter Gichuchi som väntat i timmar i hettan i Mombasa, till Reuters.
Men den långa väntan har inte avskräckt väljarna som tycktes vara vid gott humör.
Många väcktes i gryningen av visselpipor och vuvuzelor. Men fortfarande finns en nervositet för att oroligheter ska blossa upp i samband med valet.
– Vår framtid är osäker, men vi hoppas att fred och seger är på vår sida den här gången, säger Eunice Auma, anhängare till premiärminister Raila Odinga och syftar på den våldsamma utvecklingen efter valet 2007.
– Men vinner inte vår kandidat så är jag rädd att våldsamheter kommer att bryta ut.