Beslutet gäller röster från 22 av 32.000 vallokaler.
Raila Odinga, som besegrades knappt av Uhuru Kenyatta, överklagade resultatet. Odinga hävdar att det förekom valfusk.
Kenyatta anklagas för brott mot mänskligheten i samband med valet 2007, som följdes av brutala övergrepp och sammanstötningar.
Omräkningen av rösterna börjar på tisdagen.