Sammanstötningarna inträffade när en grupp Mursianhängare försökte marschera till inrikesministeriet, uppger egyptiska medier.
Säkerhetsstyrkor ska ha försökt skilja de stridande åt med tårgas. Det finns ännu inga uppgifter om skadade.
Enligt en myndighetskälla utbröt oroligheterna i Kairo sedan dussintals anhängare till Muslimska brödraskapet tagit sig in i en departementsbyggnad och sedan beordrats ut, rapporterar nyhetsbyrån AFP.
Skyltfönster attackerades
Utanför rök de sedan ihop med boende i området varpå polisen satte in tårgas, enligt AFP:s reporter på plats. Mursianhängare uppges ha attackerat skyltfönster vilket ytterligare retat boende i området och sporadiska slagsmål utbröt.
Tidigare under dagen hade Mursis anhängare intagit provisoriska försvarsställningar kring sina två huvudsakliga protestplatser i Kairo.
Myndigheterna, som trots envisa rykten inte skingrat protesterna, debatterade under förmiddagen hur demonstrationerna ska tacklas.
Protester fortsätter
Vid Rabia al-Adawiyya-torget fortsätter protesterna till stöd för Mursi, säger Islam Abd el-Rahman, aktiv i utrikespolitiska kommittén i Muslimska brödraskapets parti Frihets- och rättvisepartiet.
-Folk här fortsätter med sina aktiviteter som vanligt och tänker inte sluta, säger han i telefon till TT.
Abd el-Rahman ställer sig inte negativ till dialog, men dialog ”inom legitimitetens gränser”.
-Man måste skilja på vår öppenhet för dialog och att ge representanter för kuppen legitimitet. Den här kuppen är olaglig och kriminell, säger han.
Även i Sverige hölls demonstrationer. Utanför den egyptiska ambassaden i Stockholm samlades ett 40-tal människor i protest mot militärens agerande. Deltagare ropade slagord till stöd för Mursi, mot armén.