Enligt landets president Teodoro Obiang Nguema ska explosionen gett skador på nästan alla byggnder i Bata, en stad med runt 250 000 invånare.
Internationell katastrofhjälp har skickats av flera länder och personal från den amerikanska flottan finns på plats för att assistera i räddningarbetet som fortfarande pågår.
– En av de sakerna vi kommer försöka hjälpa till med är att reda ut vad som hände, men än så länge är det för tidigt för att säga något, säger en officerare till Reuters.
Det västafrikanska Ekvatorialguinea räknas som en av världens hårdaste diktaturer och är en av de mest slutna staterna på den afrikanska kontinenten. Majoriteten av landets befolkning lever under gränsen för fattigdom.