Enligt tjeckisk tv som hänvisar till officiella resultat vann Zeman med 51,95 procent av rösterna över Drahos som fick 48,04 procent när 96,87 procent av rösterna var räknade på lördagseftermiddagen.
Han är därmed klar för ytterligare en fem år lång mandatperiod.
Vitt skilda visioner
De båda kandidaterna gick till val med vitt skilda politiska visioner. I Zemans retorik har det funnits främlingsfientliga och anti-muslimska inslag. 73-åringen är personlig vän med Vladimir Putin och har även förespråkat närmare band med Kina.
Den politiska nykomlingen Drahos betraktas som mer liberalt orienterad och ville å sin sida se att Tjeckien blir ett av EU:s kärnländer. Till skillnad från Zeman ser han den Ryska regeringen som en fiende.
Landets tredje president
Milos Zeman är landets tredje president efter Vaclav Havel och Vaclav Klaus, sedan Tjeckoslovakien splittrades 1993.