Av parlamentets 150 ledamöter röstade 78 för att avsätta Heger – som leder det konservativa partiet Vanligt folk som ingår i en minoritetsregering bestående av tre partier. Regeringens fall innebär antingen att president Zuzana Caputová utser en ny premiärminister eller att landet går mot nyval.
Att hålla ett val före det planerade datumet i 2024 kan påverka Slovakiens stöd för grannlandet Ukraina. Särskilt om vänsteroppositionen skulle komma till makten, som för närvarande leder opinionsmätningarna. Vänsteroppositionen är överlag kritisk till militärt bistånd till Kiev.
Regeringen har försvagats successivt
Hegers koalitionsregering tog över makten under 2020, men har sedan dess försvagats successivt då Frihets- och solidaritetspartiet lämnade koalitionen i september.
Det senare partiets ledare Richard Sulík säger att han inte längre har förtroende för Hegers regering, och att han är särskilt kritisk mot finansminister Igor Matovic.
Igor Matovic, som tidigare var premiärminister, erbjöd sig att avgå för att få oppositionen att dra tillbaka misstroendeomröstningen, men erbjudandet nobbades av Liberala partiet.
Socialdemokratiska partiets ledare Peter Pellegrini applåderar utgången i omröstningen.
Heger förväntas lämna in avskedsansökan
Slovakiens minoritetsregering förlorade omröstningen trots ett sista försök att få stöd, vilket ökar den politiska instabiliteten i landet samtidigt som man försöker bekämpa skyhöga energipriser och hantera den kraftigt försvagade ekonomin.
Premiärminister Eduard Heger förväntas lämna in sin avskedsansökan till presidenten i veckan som kommer ge regeringen i uppdrag att fortsätta sin verksamhet med begränsade befogenheter tills en ny regering har utsetts.