Beslutet kommer genom ett presidentdekret som offentliggjordes på måndagen.
Den amerikanske medborgaren Edward Snowden har valt att leva i Ryssland sedan 2013, då han är eftersökt av amerikanska myndigheter för att ha läckt hemliga dokument. 2020 sade han att han skulle söka permanent uppehållstillstånd i Ryssland, men att han skulle behålla sitt amerikanska medborgarskap.
Beskedet om president Putins beslut publicerades på en officiell regeringssida. Snowden var en av 75 utländska medborgare i Ryssland som får ryskt medborgarskap av president Putin.
Snowden läckte omfattande material om USA:s underrättelsetjänst National Security Agency (NSA) och information som den samlat in.