Svenska åklagare har begärt honom överlämnad till Sverige genom en nordisk arresteringsorder.
Han misstänks även för ett mord i Hallstahammar den 19 september förra året.
"Han identifierades i samband med brotten mot Israels ambassader i Stockholm och Köpenhamn", säger senior åklagare Anna Elmlöv i ett pressmeddelande.
Begäran prövades i Köpenhamns byret (tingsrätt) under onsdagen. Rätten beslutade att tonårspojken ska utlämnas till Sverige när rättsprocessen är avslutad i Danmark.
17-åringen har varit häktad i Danmark sedan oktober 2024. Han misstänks ha transporterat handgranater och sedan kastat två av dem mot en takterrass i Hellerup norr om Köpenhamn, där Israels ambassad ligger.
En 20-årig svensk är misstänkt för samma gärning och är också häktad i Danmark. Båda är misstänkta för terrorbrott i landet.
I fredags togs ett beslut om att 20-åringen ska utlämnas från Danmark till Sverige på grund av misstänkt inblandning i ett mord i Malmö.
Det är endast 17-åringen som är misstänkt för skottlossningen mot Israels ambassad i Stockholm som inträffade den 1 oktober 2024. Dagen efter exploderade två handgranater i nära anslutning till Israels ambassad i Köpenhamn.