Utrikesminister Tobias Billström (M) sade på lördagen till SVT Nyheter att händelserna som upprört Turkiet inte förbättrar Sveriges säkerhetspolitiska läge.
Nu säger Oscar Stenström att aktionerna försvårar samtalen med Turkiet.
– Vi ser uttyck som är lagliga, men absolut inte lämpliga för att kunna föra dessa samtal. Att bränna koranen utanför Turkiets residens har naturligtvis gjort att en hel religion har förolämpats, det tycker jag är beklagligt och vi har visat sympati för det.
Oklart hur lång pausen för fysiska möten blir
Turkiet sade i veckan att möten med Sverige är meningslösa, någonting som Stenström håller med om.
– Det är inte meningsfullt att föra förtroendefulla samtal och träffas fysiskt för att det sannolikt bara skulle leda till att vi eventuellt trissar upp situationen.
Vidare säger han att det återstår att se hur lång pausen för de fysiska samtalen blir.
– Detta måste nu lägga sig, men vi kommer på inga sätt förändra Sverige eller våra grundlagar.
Stenström säger att det dock har förts samtal med Turkiet efter koranbränningarna och att han hoppas på fortsatta samtal.
– Jag hoppas ju ha kontakt med min motpart redan den kommande veckan. Men sen får vi se när vi träffas fysiskt helt enkelt, men samtal pågår.