Boende i staden uppmanades att hålla sig inne och ett undantagstillstånd utfärdades i delar av staden.
Tåget hade tjugo vagnar fyllda med ammoniak.
– Vad vi vet hittills är att en eller två vagnar spårade ur och ammoniak läckt ut, säger stadens borgmästare Vladan Vasic.
Läckan orsakade en tjock rök som in sin tur ledde till flera bilolyckor på huvudvägen som leder till Nordmakedonien och Grekland. Det var ovanligt mycket trafik på grund av julghelgen.
Det är inte klarlagt vad som orsakade urspårningen som ledde till läckaget.