Valet står mellan Frank Hsieh, som kandiderar för Chens parti, regerings- partiet DPP, och Ma Ying-jeou från nationalistpartiet Kuomintang.
DPP siktar på självständighet för Taiwan, medan Kuomintang vill se en återförening med Fastlandskina.
Enligt opinionsmätningarna inför valet har Kuomintang-kandidaden Ma en knapp ledning.