Orsaken var problem med hjärtat, meddelar vicepresident Samia Suluhu Hassan i ett tv-sänt tal, rapporterar Reuters.
Beskedet kommer efter ihärdiga spekulationer om Magufulis hälsotillstånd. Presidenten, som inte synts till på över två veckor, var en stark covid-19-skeptiker och hävdade att coronaviruset försvunnit från Tanzania tack vare böner. Rykten florerade, kanske just därför, att han själv ådragit sig sjukdomen.
John Magufuli, som suttit vid makten sedan 2015, har drivit Tanzania mot en allt mer auktoritär riktning. Magufuli nådde popularitet genom att bland annat kampanja mot korruption. Men hans hårda tag mot medier samt det faktum att journalister, aktivister och flera oppositionsföreträdare har gripits har spätt på kritik från både människorättsgrupper och allierade.
I fjolårets val fick Magufuli 84 procent av rösterna, enligt det officiella valresultatet. Oppositionen har ifrågasatt segern.