Åklagare har anklagat Bolsonaro, som var president från 2019 till 2022, för att ha anstiftat upploppen i januari i fjol. Då tog sig tusentals personer in i president-palatset, kongressen och högsta domstolen. De vandaliserade byggnaderna och hävdade, utan bevis, att presidentvalet var stulet.
Utredningar pågår även mot flera ministrar i Bolsonaros dåvarande regering och några av hans assistenter har gripits, skriver CNN.
Bolsonaro själv har förbjudits att ställa upp i allmänna val under åtta år, och har tvingats lämna över sitt pass.
Men i ett tal på inför en enorm folkmassa hävdade den tidigare presidenten att han är oskyldig.
– Vad är en kupp? Det är stridsvagnar på gatorna, vapen, konspirationer. Det är att föra över politiska klasser till ens egen verksamhet. Inget av det har hänt i Brasilien, sa Bolsonaro från scenen på söndagen.
Anhängarna stöttar
– Vi kan inte låta myndigheterna bara stryka vem de vill från den politiska scenen, helt utan grund, fortsatte han.
Och hans anhängare höll med sin ledare.
– Det är viktigt att stötta honom, för han representerar Gud, vårt land och familjen, säger Wilson Aseka, som åkt 70 mil för att delta i manifestationen som arrangörerna hoppades skulle locka en halv miljon deltagare.
Oberoende observatörer från universitetet i Sao Paolo uppskattar antalet deltagare till 185 000 personer, skriver nyhetsbyrån AP.