De som inte anklagas för att ha gått främmande makts ärenden, begått mord, misshandel eller skadegörelse uppges omfattas av beslutet, skriver Reuters med hänvisning till iranska medier.
Benådningen sker i samband med det nationella firandet av 1979 års iranska revolution.
Omkring 20 000 människor tros ha gripits under protesterna som följde efter den unga kvinnan Mahsa Aminis död.