Beslutet öppna USA:s armé för transexuella är en del i den förändring av USA:s armé som Carter drivit i flera år.
Han har bland annat öppnat möjligheten för kvinnor att delta i alla stridande roller inom armén och utnämnde den öppet homosexuelle Eric Fanning till arméminister.
På en presskonferens lade försvarsminister Ash Carter fram en ettårig plan för hur beslutet ska implementeras, rapporterar nyhetsbyrån AP.
– Vårt uppdrag är att försvara det här landet och vi vill inte ha barriärer som är orelaterade till en person kvalifikationer som hindrar oss från att rekrytera eller behålla de militärer som bäst kan utföra vårt uppdrag.
Genomförs på ett år
Enligt den nya policyn ska transsexuella i armén från första oktober få tillgång till vård och påbörja processen att korrigera det kön de är registrerade som hos Pentagon.
Och ett år från nu ska transpersoner tillåtas att ta värvning, förutsatt att de uppnår de formella kraven och att de haft samma könsidentitet i minst 18 månader.
Tusentals transpersoner i armén
Tidigare har försvarsmakten kunnat ge transpersoner sparken utan någon annan anledning än deras könsidentitet.
I USA identifierar sig 1,4 miljoner människor sig som transpersoner och enligt en studie som gjorts av Rand Corporation gjort visar att det finns kring 2.450 transpersoner i det amerikanska försvaret, rapporterar The New York Times.
Tidningen skriver att de flesta av dem har dolt sin könsidentitet av rädsla att få sparken på liknande sätt som de flesta homo- och bisexuella inom försvaret gjorde innan förbudet mot öppenhet med läggningarna skrotades av Barack Obama 2011.