Tidigare var utbrottet begränsat till isolerade och glesbefolkade områden.
Fallen rapporterades i torsdags från en stadsdel vid floden och prover togs. Ytterligare ett misstänkt fall rapporteras från storstaden, enligt hälsomyndigheten.
23 personer tros ha avlidit i ebola i Kongo-Kinshasa sedan april.
Ebola tillhör gruppen blödarfebrar, allvarliga sjukdomar som drabbar kroppens alla organ. Viruset smittar genom direktkontakt med kroppsvätskor som blod, svett och kräkningar. Det är nionde gången sedan 1976 som ebola upptäcks i Kongo-Kinshasa.