Donald Trump lovordade Manafort efter beskedet och kallade hans arbete med kampanjen för ”verkligt professionellt”, rapporterar bland andra nyhetsbyrån AP.
Manafort avgår bland annat sedan det avslöjats att han arbetat för ett pro-ryskt parti i Ukraina.
Paul Manafort var en av de mest politiskt erfarna i staben runt Trump. Han har tidigare varit rådgivare åt flera republikanska presidentkandidater.
Häromdagen avslöjade tidningen New York Times att Manafort misstänks ha tagit emot över 100 miljoner kronor från Ukrainas förra proryska regering, vilket reste nya frågetecken om den republikanske presidentkandidatens koppling till Ryssland.
12,7 miljoner dollar
Enligt handskrivna dokument ska Manafort ska ha fått omkring 12,7 miljoner dollar (cirka 107 miljoner kronor) i kontanta utbetalningar från den proryska Janukovytjadministrationen i Ukraina mellan 2007 och 2012.
Det är oklart vad syftet med utbetalningarna var. Utredarna undersöker fortfarande om Manafort verkligen har tagit emot pengarna.
Nya chefer
Även de vikande opinionssiffrorna har lett till att Donald Trump gjort stora förändingar i sin kampanjledning. Så sent som i går kom rapporter om att Trump tillsätter nya chefer, kända för att uppmuntra hans buffliga och rättframma stil.
– Jag vill vinna. Det är därför jag tar in fantastiska människor som vet hur man vinner och som älskar att vinna, sade Trump till tidningen The Wall Street Journal.