I flera städer nådde bruna vattenmassor upp till kring sju meter och hotade spränga skyddsvallar.
I Regensburg har vattenståndet inte varit så högt på 130 år, säger en talesman för staden till Süddeutsches nätupplaga. Det uppges dock inte vara någon fara för invånarna, och ström- och dricksvattenförsörjningen fungerar än så länge.
Läget i Halle beskrivs som ”dramatiskt” och tidigt på morgonen kallades 200 brandmän till platsen.
Också i Magdeburg i Sachsen-Anhalt utlystes katastroflarm på tisdagsmorgonen.