I ett uttalande anklagas medier för att dra ”förhastade slutsatser”.
Vatikanens kommentar är en reaktion på ett brev som påven – då kardinal Joseph Ratzinger – skrev 1985 och som offentliggjordes i fredags.
I brevet skriver Ratzinger till biskopen i Oakland att han behövde mer tid att överväga om prästen skulle fråntas rätten att arbeta i kyrkan.
Detta trots att det gått fyra år sedan biskopens första påstötning i ärendet, och sju år sedan prästen dömts till fängelse för sexövergrepp på barn.
Ratzinger angav som skäl till sin tvekan att han ville skydda kyrkan.
”Ögon på prästen”
En jurist för Vatikanen, Jeffrey Lena, tog på lördagen påven Benedictus i försvar och varnade för snabba slutsatser.
Enligt Lena hade biskop John Cummins under hela processen ögonen på prästen och såg till att han inte skadade någon.
-Övergreppsfallet överfördes inte till Vatikanen över huvud taget, säger Lena som är baserad i Kalifornien.
Advokaten Jeff Anderson, som offentliggjort breven, är av motsatt uppfattning.
Biskop Cummins rekommenderade att prästen Stephen Kiesle skulle avskedas med anledning av en rättegång 1978 där Kiesle erkände att han sexuellt utnyttjat sex barn i åldern elva till 13 år.
Kiesle dömdes till tre års fängelse för otukt med barn. Cummins skrev flera brev innan svaret kom från Ratzinger som var ledare för Troskongregationen, ett slags katolsk rättsinstans med rötter i inkvisitionen.
Mörkläggning
Trots att Ratzinger medgav allvaret i fallet Kiesle var han ovillig att vidta omedelbara åtgärder, vilket han motiverade med att han måste beakta vad som är ”bäst för den universella kyrkan”.
Ratzinger informerade biskopen i Oakland att Kiesles fall måste utredas grundligt vilket tar längre tid än normalt.
Kiesle avsattes till slut 1987, men han arbetade senare som ungdomssamordnare i en församling i Priole i norra Kalifornien i åtta månader, säger advokaten Jeff Anderson, som representerar två av Kiesles offer.
TT/AFP/Reuters