Bajen är vidare med sammanlagt 1-1 och fler gjorda bortamål.
Hammarby var hårt tillbakapressade under matchens första 25 minuter men sedan jämnade spelet ut sig något. Bajen spelade dock fortfarande mest på kontring.
Utrechts 1-0 kom i den 65:e minuten efter en riktig bjudning. Hammarbys Eguren slog en bakåtpass som Robin Nelisse plockade upp och petade in bakom Benny Lekström i Bajenmålet.
Men bara tre minuter senare blev David Johansson hjälte för Bajen när han tryckte in 1-1 efter en hörna.
Efter Hammarbys mål pressade Utrecht på och hade också en del målchanser, bland annat en farlig hörna. Men Bajen kunde stå emot. Spelet i andra halvlek var hårt, på gränsen till fult, när båda lagen bjöd upp till kamp.
För Hammarby innebär resultatet mot Utrecht att europaäventyret fortsätter i Uefacupens andra kvalomgång.
-Vi har nått ett delmål nu, att vinna Intertoto. Nu ska vi njuta av det här och sen ska vi sätta upp nya mål, säger Gustavsson.
SVT Sport och TT