Stoch, som leder världscupen, hoppade längst både i första och andra omgången, 105,5 respektive 103,5 meter.
– Det känns som om detta inte har hänt mig, säger en överlycklig Stoch.
Österrikaren Thomas Morgenstern, som kraschade och fick allvarliga skador för en månad sedan, tävlade igen och slutade på 14: plats, 251,6 poäng.