Det var annars Kiel som började klart bäst och tyckte åt sig en klar ledning. När ledningen var som störst ledde de med 12-6.
Men i andra halvlek var det i stället Flensburg som gick i från med några bollars ledning sedan Mattias Andersson stängt igen målet.
Vid 22-26 byttes Johan Sjöstrand, som storspelat i första halvlek, ut mot Andreas Palicka i Kielmålet.
Då skapades viss spänning men Flensburg och Andersson höll hela vägen. Lagkaptenen Tobias Karlsson höll ihop försvarsspelet på ett fenomenalt sätt och blockade skott på skott.
Vranjes förste svenske coach att vinna
Mattias Andersson svarade för två riktigt svettiga räddningar i slut- minuterna när Kiel var på väg ikapp.
Flensburg är ett riktigt svensklag med Hampus Wanne och Jim Gottfridsson förutom Vranjes, Karlsson och Andersson.
Laget vinner nu turneringen för första gången någonsin. Ljubomir Vranjes blir dessutom förste svenske tränare att vinna Champions League.
– Det är ett arbete i flera år som nu givit resultat. Vi började 2010 med 15 mål i baken mot Kiel och i de sista mötena har vi 4-1 i vår favör. Vi har utvecklats enormt och känslan är underbar att få varit en del av detta, säger Vranjes till SVT Sport.
Efter att ha förlorat två Champions League-finaler kom nu trendbrottet när Flensburg äntligen lyckades fälla giganten Kiel.
Barcelona tog hem bronset efter 26-25 mot ungerska Veszprem.
Matchfakta
Flensburg-Handewitt-Kiel 30-28 (14-16)
Flensburg-Handewitt: Anders Eggert Magnussen 7, Lasse Svan 7, Holger Glandorf 5, Steffen Weinhold 4, Thomas Mogensen 4, Jim Gottfridsson 2, Jacob Heinl.
Kiel: Aron Palmarsson 6, Gudjon Valur Sigurdsson 5, Marko Vujin 5, Niclas Ekberg 5, Filip Jicha 3, Rene Toft Hansen, Wael Jallouz, Christian Zeitz, Patrick Wiencek.
Publik: 19 250