Zakarin lämnade en handfull konkurrenter med 5 km kvar till toppen Ceresole Reale utanför Turin på 2247 meters höjd över havet och trampade sedan själv i det trädlösa landskapet där snödrivorna var flera meter höga.
– Ja, det blev bra. Vi visste att den sista klättringen skulle bli väldigt tuff. Jag hade ingen plan för klättringen. Jag gjorde mitt bästa och det här blev resultatet. Målet är att bli topp 5 och nu är det möjligt, säger den lågmälde Zakarin via tolk på presskonferensen.
Polanc behåller den rosa ledartröjan
Slovenen Jan Polanc hade en ledning på över fyra minuter inför dagens etapp. Han höll emot bra även om han tappade en del av sin ledning. Cyklisterna kom i mål en och en eller i små klungor denna tuffa dag i bergen.
– Jag försökte köra smart och visste att det skulle bli svårt att behålla ledartröjan. Det var viktigt att hitta min egen fart och jag får tacka mina lagkamrater för att det lyckades, säger Polanc i Eurosports sändning.
En av aspiranterna till totalvinsten, Simon Yates, hade en nattsvart dag och var över fem minuter efter. Han satt länge med en handduk över ansiktet efter etappen. Tvåa andra förhandsfavoriter, tvåan Primoz Roglic och femman Vincenzo Nibali, ägnade sig åt att bevaka varandra – mer är att utmana om segern. De åkte i mål som sjua och åtta, 2.57 efter vinnande Zakarin.
Morgondagens etapp som åker förbi flera klassiska alpina orter är ännu tuffare än dagens som innehöll tre brutala klättringar.
Girot har målgång i Verona 2 juni.
Giro d'Italia totalställning:
1) Jan Polanc, Slovenien/Tema Emirates, 54.28.59
2) Primoz Roglilc, Slovenien/Team Jumbo-Visma + 2.25
3) Ilnur Zakarin, Ryssland/Katusha + 2.56
Etapp 13 Pinerolo-Ceresole Reale 196 km:
1) Ilnur Zakarin, Ryssland/Katusha 5.34.40
2) Mikel Nieve, Spanien/Mitchelton-Scott + 35
3) Mikel Landa, Spanien/Movistar + 1.20