Pogacar satte in sitt patenterade ryck med 2,2 km kvar men blev inte av med konkurrenterna och fick se Michael Matthews vinna spurten med målgång i en uppförsbacke efter 201 km.
Man cyklade 16 varv på en backig bana som mätte 12,6 km och Pogacar ångrade att han inte försökte gå loss tidigare.
– Vi lyckades göra det riktigt jobbigt de sista varven men jag var inte säker på min sista kilometer om jag skulle attackera eller inte, men jag tog fel beslut, väntade på sprinten och blev instängd, säger Pogacar enligt Cyclingnews.
”Förväntade inte att benen skulle kännas så här bra”
Även på söndag kommer det att arrangeras en worldtourtävling, då i Montreal över 207 km. Efter det riktar många av cyklisterna sin uppmärksamhet mot VM i Zürich.
– Jag förväntade mig inte att benen skulle kännas så här bra när jag var tillbaka så jag är supernöjd med formen och hur jag klarade det första loppet efter lite vila. Så jag tror att jag är redo för söndag och världsmästerskapet nu, säger en framåtblickande Pogacar.
Efter att ha vunnit Girot och Touren överlägset var Pogacar helt slut och tvingades avstå OS i Paris.