Ekdal spelade från start i segermatchen mot Spanien i torsdags, men tvingades byta i den 68:e minuten efter en smäll.
Han testades på måndagens förmiddagsträning och där stod det klart att 32-åringen inte är redo för spel.
Han missar därmed det viktiga VM-kvalmötet med Grekland på onsdag.
”Det medicinska teamet har tillsammans med Albin beslutat att han lämnar truppen då han inte är tillräckligt långt fram i sin rehab för att kunna delta i onsdagens match mot Grekland”, skriver landslagets presschef Jakob Kakembo Andersson i ett pressmeddelande.
De kan ersätta
– Jättetråkigt, så klart. Både för Albin och för oss. Han är en mycket skicklig fotbollsspelare som har gjort många bra insatser för oss, säger assisterande förbundskapten Peter Wettergren på en presskonferens.
Ekdal var på planen vid båda Sveriges mål i skrällsegern mot Spanien (2-1) och startade i varje EM-match i somras.
Tänkbara ersättare är Jens Cajuste eller Mattias Svanberg, som båda startade i träningsmatchen mot Uzbekistan i går och som kan tänkas gå in bredvid Kristoffer Olsson. Wettergren vill dock inte spekulera.
– Man måste alltid ha en backup-plan. Vem Janne väljer får ni se på onsdag, men det är klart att vi har pratat om det och diskuterat olika lösningar, säger han.
Förbundskaptenen Janne Andersson håller pressträff klockan 13.00 inför avresan till Aten.
Tidigare under måndagen kom beskedet att även Isac Kiese-Thelin lämnar truppen, men bara tillfälligt då han ska slutförhandla med en ny klubb.
KLIPP: Sveriges tog bragdseger mot Spanien (2 sep 2021)