Isak fick bollen av norrmannen Martin Ödegaard strax innanför straffområdesgränsen, vände om och sköt in bollen vid den bortre stolpen till 1-0.
Bara tre minuter senare kvitterade Marc Cardona för den gästande La Liga-konkurrenten Osasuna.
I andra halvlek satte Ödegaard 2-1 på frispark och strax därefter var Isak framme vid den främre stolpen och nickade in 3-1.
Det blev också slutresultatet och därmed är den baskiska klubben klar för kvartsfinal i cupen.
Alexander Isak satte 2-0 mot Espanyol i förra rundan av cupen och sedan dess har han också hunnit med att sätta 1-0 då Real Sociedad slog Mallorca med 3-0 i spanska ligan.
På sistone har den svenske supertalangen fått förtroende från start i stället för Willian José och då har han också levererat. I och med dagens fullträffar är han lagets bäste målskytt den här säsongen med tio mål.
Den här säsongen har Isak startat åtta matcher och blivit inbytt i sjutton.
KLIPP: Isak målskytt i cupmötet (23 januari 2020)
Copa del Rey
Real Sociedad
3 - 1
CA Osasuna
Första halvlek
Zubeldia
20'- 1 - 0
Isak
34' - 36'1 - 1
Cardona
- 39'
R. García
Andra halvlek
- 60'
Aridane
- Monreal
Munoz
60' - 2 - 1
Ødegaard
61' - 66'
Vidal
- 3 - 1
Isak
69' - Portu
Barrenetxea
70' - 75'López
Cardona
- 75'Ibañez
R. García
- 75'Barja
Iñigo Pérez
- Elustondo
Oyarzabal
79'