Det var redan i den 22:a minuten som Newcastle tvingades till ett byte. Svenske landslagsstjärnan klev av skadad och in kom istället Harvey Barnes.
Några minuter tidigare hade Isak åkt på en smäll och han tog sig mot höften.
Anfallaren har dragits med skadeproblem tidigare under hösten, då han bland annat har brutit en tå.
Newcastle såg ut att gå mot en seger efter en fin frisparksvariant, som resulterade i ett självmål av hemmalagets Marc Guehi.
Men Crystal Palace kunde trots allt knipa en poäng genom ett sent mål av Daniel Munoz.
Isak står noterad för fyra mål och två assist på elva Premier League-matcher den här säsongen.