Innan stjärnans hjärtproblem är mer noggrant undersökta är han inte aktuell för spel, uppger den spanska klubben.
”Under de kommande tre månaderna kommer vi att utvärdera hur behandlingen av honom fortlöper för att avgöra hur hans återhämtning ska fortsätta”, skriver Barcelona i ett uttalande.
33-åringen fördes till sjukhus i lördags efter att ha drabbats av arytmi, rubbningar i hjärtrytmen, under ligamatchen mot Alavés.
Agüero ska ha haft ont i bröstet under stora delar av första halvlek och ersattes av Philippe Coutinho i halvtid för att föras till sjukhus och en hjärtundersökning.