Den 29-årige Manchester City-spelaren drabbades av två frakturer i ansiktet och fick utgå i Champions League-finalförlusten mot Chelsea i maj. De Bruyne genomgick också en mindre operation i lördags för skadorna innan han anslöt till Belgiens EM-samling i Tubize.
Tidigare i veckan sade förbundskaptenen Roberto Martinez att De Bruyne såg redo ut.
– Han kommer att köra med rehabteamet under de kommande dagarna och sedan när han får grönt ljus kommer han att stegra fotbollsträningen, sade han då.
Även belgiske mittfältaren Axel Witsel missar EM-premiären på grund av en hälseneskada och flyger inte med laget till Ryssland.