Det var Wolverhampton som hade lagt fram förslaget, efter att flera gånger under den gångna säsongen irriterats av VAR-beslut som gått emot laget.
Men när de 20 klubbarnas representanter röstade om saken på torsdagens årsmöte föll valet på att behålla systemet. Fjorton klubbar hade behövt rösta för ett avskaffande för att förslaget skulle gå igenom, men endast Wolverhampton röstade för, uppger BBC.
Man kom dock överens om att försöka göra systemet än mer tillförlitligt.
"Även om VAR innebär mer exakta domslut, bestämdes det att man ska utveckla systemet för att gynna både fotbollen och fansen", skriver Premier League i ett uttalande på sin hemsida.
I höst införs också semi-automatiserad hjälp för bedömningen av offside i Premier League. Förhoppningen är att den förändringen också ska leda till snabbare VAR-beslut.