Landslagsprofilen höll sig framme på en hörna i den 51:a minuten och lyfte kyligt in en retur över backlinjen fram till 3-2.
Det var hennes första damallsvenska mål sedan 2013, då hon lämnade Linköping för tyska storklubben Wolfsburg.
Men jublet blev inte särskilt långvarigt.
Dubbla ramträffar
Elva minuter efter Fischers fullträff kvitterade Matilda Vinberg för Hammarby – som hade flest vassa chanser, bland annat två ramträffar – och matchen slutade 3-3 inför 500 åskådare på läktaren.
– Det känns som en stor besvikelse. Det är tre för enkla mål vi släpper in, vi kan mycket bättre än så här. Vi jobbade hårt för att sätta 4-3 men lyckades inte. Det är för mycket bolltapp över hela planen, säger Fischer enligt Corren.
– Helt okej spelmässigt, men poängmässigt är det inte tillräckligt bra.
Enpoängaren betyder att Linköping kliver upp på tredje plats i tabellen. Hammarby är femma.
Nilla Fischer återvände till Linköping sommaren 2019 efter att ha vunnit både Champions League och tyska ligan med Wolfsburg.
Mittbacken har tagit VM-brons och OS-silver med Sverige men kommer inte att delta i sommarens OS i Tokyo av familjeskäl.