Efter slutsignalen efter sju minuters tilläggstid samlades Lyon-spelarna i en ring för spontan dans, kramar och segersång.
Spelarna i det tyska lag satt på gräset med tomma blickar och fick tröst.
Medaljer och pokalen delades ut av Uefa-chefen Aleksander Ceferin som knoghälsade med spelarna vid podiet. När pokalen hissades sprutades konfetti över spelarna på ett annars öde stadion utan publik.
– Jag tycker ändå att vi ska stå rakryggade. Vi mötte ett bra fotbollslag i dag och tyvärr förlorade vi. Men de skapade fler chanser och var det bättre laget. Vi gjorde allt för att vända matchen men tyvärr gjorde de ett till mål efter vårt. Det räckte inte. Publiken saknades men inramningen var ändå bra, säger Rolfö till TV10.
Femte raka segern mot Wolfsburg
Det var en rättvis seger även om Wolfsburg hade en period vid ställningen 1-2 där det var nerv i matchen. Det var femte raka segern i Europaspel för Lyon mot Wolfsburg.
– Vi har ett fantastiskt lag med toppspelare på varje position. Medan andra lag förlitar sig på två, tre spelare har vi 16, 17. Det finns inget annat lag med den bredden. Vi är definitivt det starkaste laget i världen. Jag kan inte se något annat lag vinna fem titlar i rad, säger Lucy Bronze som hade flera dueller med Rolfö. Lyon saknade ett par toppspelare – utan att det märktes.
Wolfsburg såg ut att ha kört fast när laget tog sig fram på vänsterkanten. Pernille Harder släppte ner bollen till Fridolina Rolfö som drog på ett skott mot målet från snäv vinkel som målvakten Sarah Bouhaddi släppte retur på. Ewa Pajor fick tag i bollen och spelade in till Alexandra Popp som nickade in 1-2 efter en knapp timme.
Det var Wolfsburgs första riktiga målchans i matchen.
Rolfö åkte på en smäll mot huvudet
Med tio minuter kvar gick Bouhaddi in en luftduell med flera Wolfsburgsspelare och fick en smäll i huvudet och behandlades under flera minuter innan hon grimaserande kunde fortsätta. Även Rolfö fick en smäll i situationen, jack vid ögat, men spelade vidare.
Strax efteråt styrde Sara Björk Gunnarsdottir, som nyligen gick till Lyon från Wolfsburg, in 3-1 med en reflex från nära håll och släckte allt hopp för Wolfsburg.
I mitten av den första halvleken gick Lyons Eugenie Le Sommer på ett avslut som parerades av Wolfsburgs målvakt Friedrike Abt. Kraftfullt vräkte sig sedan Le Sommer fram och tog sin egen retur framför ett passivt försvar och tryckte in 1-0.
Strax före pausen ökade den japanska landslagskaptenen Saki Kumagai på till 2-0. Delphine Cascarino (utsågs till matchens lirare), som förarbetat till 1-0, spelade in bollen, som via olika spelare studsade ut till Kumagai som drog till hårt utfrån och fick se bollen gå in precis invid den högra stolpen.
UEFA Women's Champions League
VfL Wolfsburg
1 - 3
Olympique Lyonnais
Laguppställningar Wolfsburg-Lyon i San Sebastian, Spanien:
Wolfsburg
Friederike Abt
Dominique Bloodworth
Anna Blaesse
Svenja Huth
Alexandra Popp
Fridolina Rolfö
Ingrid Syrstad Engen
Ewa Pajor
Pernille Harder
Sara Doorsoun
Lena Goessling
Lyon
Sarah Bouhaddi
Lucy Bronze
Wendie Renard
Saki Kumagai
Amel Majri
Sara Bjoerk Gunnarsdottir
Eugenie Le Sommer
Dzsenifer Marozsan
Delphine Cascarino
Kadeisha Buchanan
Sakina Karchaoui