Den gabonesiske anfallaren gav först bortalaget ledningen efter ett fint samspel med Alexandre Lacazette efter 13 minuters spel.
Så långt allt frid och fröjd – men i den andra halvleken gick det sämre.
Först fick Aubameyang se lagkamraten David Luiz styra in Jordan Ayews avslut i eget mål, fram till 1–1 – och kort därpå blev han utvisad efter att ha kommit fel in i en duell med Crystal Palaces Max Meyer och stämplat sin motståndare över fotleden.
Efter fyra matcher vid rodret är nye managern Mikel Artetas facit en seger, en förlust och två kryss.