Protesten fördöms av det amerikanska fotbollsförbundet.
”Vi förväntar oss att våra spelare och ledare står upp och visar vördnad för vår flagga när nationalsången spelas”, skriver förbundet i ett uttalande som kom ut samtidigt som matchen var igång, skriver ESPN.
Rapinoe förklarar att hon följde sitt hjärta.
Samtal med förbundskaptenen
– Jag vet att jag hela tiden har haft rätt i den här frågan, säger Rapinoe som var ensam om att genomföra protesten.
Förbundskaptenen Jill Ellis har förståelse för Rapinoes aktivism och hade ett samtal med henne för att laget ska dra åt samma håll.
– Det var viktigt för mig att förklara hur jag ser på saken men även att lyssna på henne. Jag var väldigt tydlig med vad jag förväntar mig, säger Jill Ellis som har den förre Hammarbytränaren Tony Gustavsson som assistent.
Utlöst av polisvåld
Protesten rör påstådd diskriminering av svarta och andra minoriteter, främst utlöst av polisvåld.
Det var första landskampen för USA sedan uttåget i OS mot Sverige. I avstängde målvakten Hope Solos ställe spelade Ashlyn Harris.
Heather O'Reilly, 31, tog farväl av landslaget efter 15 år och 231 kamper. Hon fick en stående ovation när hon byttes ut i den 87:e minuten. De tyngsta meriterna är de tre OS-gulden, där det 2012 togs ihop med Pia Sundhage.