Enligt spelarna gick tvisten tillbaka flera år i tiden. Spelarna krävde ersättning för matcher de spelade mot Gambia och Senegal för två år sedan och så ville de ha ersättning för fem dagar under VM i Frankrike.
Kravet från spelarna mot det nigerianska fotbollsförbundet för att lämna hotellet var att få in drygt 52 000 kronor, en summa som ska delas över hela truppen.
Spelarna har fått den summan utbetald men hävdade att det bara var häflten av vad de hade rätt till.
– De har betalat 52 000 kronor och har sagt att det är allt. Vi vill att de betalar lika mycket till så att det blir rätt ersättning, sade en spelare anonymt till ESPN.
Nigerianska förbundet anser frågan löst
Från det nigerianska förbundets sida hävdade man att saken redan var löst.
– Vi har betalat dem för allt som vi varit skyldiga, sade det nigerianska förbundets ordförande Amaju Pinnick.
När TT fick tag på Nigerias svenska förbundskapten Thomas Dennerby vid lunchtid på söndagen har konflikten lösts, sade han.
– Det är ingenting. Vi är på väg nu. Det är inga konstigheter, sade Thomas Dennerby.
Det är uppenbart att han inte ville prata så mycket om protesten, men sade att han själv inte varit en del av den.
– De här samtalen mellan spelarnas representanter och de styrelsemedlemmar som är här har skett bakom lyckta dörrar. Jag är över huvud taget inte inblandad. Det här är något som är mellan spelarna och förbundet. Jag försöker hålla mig utanför det.
Dennerby vill inte prata om sin egen lön
Han ville inte heller berätta huruvida han själv hade drabbats av utebliven lön.
– Jag har inga kommentarer där. Den frågan tycker jag att du ska ställa till de som kan svara på det.
Dessutom kommer en ersättning för tiden i Frankrike att betalas ut av Fifa, något som dock inte kommer att ske förrän i september. De nigerianska spelarna var upprörda över att spelarna i Kamerun och Frankrike redan ska ha fått de pengarna.
Nigerianska spelare har protesterat flera gånger tidigare mot utebliven eller för liten ersättning.