Japan hade gjort sju förändringar efter 0-4-förlusten mot Chile och hade ledningen två gånger i mötet med Uruguay i Porto Alegre. Det var dock Uruguay som var närmast att avgöra.
– Jag är inte orolig. Vet du hur många gånger jag upplevt den här typen av situationer under mina 13 som förbundskapten för Uruguay? Japan var aggressivt, säger Oscar Tabarez enligt AP.
Barcelonas stjärna Luis Suarez gjorde 1-1 på straff efter VAR-granskning och var inte helt nöjd.
– Det var bitterljuvt. De pressade oss och lät oss inte spela som vi ville, säger Suarez.
Japan har ett ungt lag som spelas ihop med sikte på hemma-OS i Tokyo nästa sommar.
Inför den sista gruppspelsomgången har Uruguay fyra poäng efter två matcher och leder grupp C i en haltande tabell.