27-åringen åkte på en knäskada i vårens sista ligamatch med Marseille, dit han varit utlånad från Napoli.
Polens fotbollsförbund skriver på sin webbplats att måndagens träning, som var ett test för att se om knät skulle hålla, visade att smärtan håller honom utanför EM-spel.
Förbundskaptenen Paulo Sousa tänker inte kalla in någon ersättare till Milik.