Enligt uppgifter till SVT Sport ska det ha skett i ett privatflyg och med klubbens godkännande.
Under måndagen rapporterade flera italienska medier att Ibrahimovic, 38, skadat en vad på träning med Milan.
På sitt Twitter-konto skriver Sky Sports att anfallaren väntas åka tillbaka till Milano nästa vecka. Under sina tidigare besök i Sverige har Ibrahimovic tränat med Hammarby. Det är oklart om han nu ska genomföra rehaben med klubben. Det är också oklart hur allvarlig skadan är. Det är vadmuskeln som fäster i hälsenan som skadats.
Milan meddelade i tisdags att 38-åringen ska undersökas på nytt om tio dagar från då.
Kontraktet med Milan går ut 30 juni.