29-åringen bekräftar att hans säsong på bana därmed är över.
Planen inför OS var att delta i både 10 000- och 5 000 meter i Paris.
Först fick han ställa in sin start på 10 000 meter och bara dagen innan starten på 5 000 meter meddelade Almgren att han skulle avstå tävlingen.
– Rent prestationsmässigt och smärtmässigt är jag inte på den nivå där jag vill vara. Det håller inte för att jag ska kunna prestera som jag vill, sa han till Svenska Friidrottsförbundet i ett pressmeddelande.
I klippet nedan ser du vad Andreas Almgren sa när SVT Sport träffade honom i Paris.