Det skiljde bara 0,5 poäng mellan ettan Lee och fyran Angelina Melnikova inför den sista grenen. Lee fick inte den högsta poängen i fristående men höll undan och vann med 0,135 poäng före brasilianskan Rebeca Andrade, som gjorde några missar i sitt program.
Ryskan Angelina Melnikova tog brons. Det blev också ryskt på fjärde plats genom Vladislava Urazova som var 0,467 poäng efter segrarinnan.
Lee var med i det amerikanska mångkampslaget som tog silver efter att Biles lämnat tävlingen efter en gren. Biles angav psykisk ohälsa som skäl till att lämna tävlingen och till att hon senare strök sig i den individuella mångkampen.
Det är femte OS i följd som en amerikanska vinner den prestigefyllda mångkampen.