För ett år sedan opererade serben armbågen och karriären var i fara. Sedan har Djokovic gjort en strålande comeback och vunnit tre Grand Slam.
– Jag funderade på att sluta med tennisen. Det tog lång tid innan jag kunde hitta meningen. Det här priset symboliserar min resa. Det här är som en saga, sa Djokovic enligt internationella nyhetsbyråer.
Gymnasten Simone Biles, som har 20 OS- och VM-guld, fick det kvinnliga priset.
Övriga pristagare:
Årets comeback: Tiger Woods (golf)
Årets genombrott: Naomi Osaka (tennis)
Årets lag: Frankrike (världsmästare i fotboll)
Årets enastående prestation: Eliud Kipchoge (världsrekord i maraton)
Hedrad på livstid: Arsene Wenger (fotboll)
Årets känsla för idrott: Lindsey Vonn (alpint)
Årets actionidrottarare: Chloe Kim (snowboard)
Årets idrottare med funktionsnedsättning: Henrieta Farkkasova (paraalpint)
Årets ögonblick: Xia Boyu (69-årig dubbelamputerad bergsklättrare som besteg Mount Everest)
För den goda sakens skull: Yuwa (idrott för unga flickor i Indien)