Avhoppet blir ytterligare ett slag mot den redan hårt ifrågasatta styrelsen som kämpar med sin återuppbyggnad efter skandalen med den tidigare landslagsläkaren Larry Nassar, som utsatt över hundra kvinnliga gymnaster för sexuella övergrepp.
Det är USA:s OS-kommitté som satt tryck på Perry då de ifrågasatt hennes förmåga att kunna föra gymnastikförbundet igenom den här krisen, skriver AP.
Beskedet att Perry avgår med omedelbar verkan kommer kort efter att gymnastikförbundet meddelat att även huvudtränaren Mary Lee Tracy avgått.
Hela styrelsen i gymnastikförbundet har avgått
Nassar dömdes i våras till 175 års fängelse och amerikanska myndigheter meddelade då att de skulle tillsätta en utredning kring sexuella övergrepp inom hela den organiserade idrottsrörelsen.
Gymnastikförbundet meddelade å sin sida att samtliga ledmöter i styrelsen lämnar sina uppdrag, efter påtryckningar från den olympiska kommittén.