Kläbo hade två minuter och 18 sekunder ned till tvåan Erik Valnes inför den avslutande klättringen uppför Alpe Cermis.
Den 28-årige dominanten fick precis som så många andra slita hårt uppför backen och gick i mål på plats 18. Något som dock räckte med god marginal för att ta hem totalsegern.
– Jag kände att jag hade ganska bra kontroll, så det var bara att ta livet lite med ro och mysa, säger Kläbo till SVT Sport.
Simen Hegstad Krüger, Norge, imponerade i slalombacken och tog hem etappen. Jens Burman blev bäste svensk på plats åtta. Edvin Anger blev tolva – och därmed bäste svensk i totalen där han blev nia.
Mika Vermeulen, Österrike, blev totaltvåa och Hugo Lapalus, Frankrike, trea.
Fakta: Svenskarnas totalplacering
9. Edvin Anger
13. William Poromaa
25. Jens Burman
34. Gustaf Berglund
38. Truls Gisselman
42. Oskar Svensson
56. Marcus Grate
Fakta: Flest Tour de Ski-segrar
4. Dario Cologna, Schweiz. Johannes Hösflot Kläbo, Norge.
2. Lukas Bauer, Tjeckien. Martin Johnsrud Sundby, Norge. Aleksandr Bolsjunov, Ryssland.