Novak bröt sig loss med 14 kilometer kvar av rullskidåkningslångloppet tillsammans med Göran Holstad Tefre och Martin Lövström Nyenget.
Med två kilometer kvar avgjorde han med en tempoökning och vann för andra året i rad.
– Jag trodde inte att jag skulle kunna upprepa segern, sa Novak.
Petter Northug som gjorde comeback slutade 38:a och storstjärnan på skidor, Johannes Hösflot Kläbo blev 40:e i ett starkt startfält.