Dödsolyckan inträffade efter 276 kilometer i söndagens etapp mellan Riyadh och Wadi ad-Dawasir.
Han var medvetslös när sjukvårdspersonal kom till platsen och flögs med helikopter till sjukhus, där det konstaterades att han var död.
Goncalves körde Dakarrallyt för 13:e gången och låg på tionde plats i sammandraget i motorcykelklassen. Hans bästa resultat i tävlingen kom 2015, då han vann en etapp och slutade tvåa sammanlagt.
Goncalves blev 40 år gammal.